港珠澳大橋香港口岸旅檢大樓頗富特色，由外觀設計，以至功能劃分，均匠心獨運，施工過程也用上創新方法。

路政署署理高級工程師鍾志仁介紹旅檢大樓設計時表示，人工島四面環海，大樓頂部天幕呈波浪形，配合自然景致。

建造天幕時，當局採用大型預製組件，大部分工序在工場完成，既可加快進度，也可減少工人高空工作的風險。就天幕工程而言，此法相對創新。

承托方面，大樓運用樹形結構支柱，減少室內結構支柱，有助加強出入境大堂的空間感。

大樓並採用天窗設計，為大堂引入自然光線，節省人工照明。

功能劃分方面，大樓大致分為檢疫和出入境檢查區、海關清關區、清關後等候區，三區按序以短橋連接，劃分清晰。

鍾志仁說，離境旅客在大樓一樓落客區下車，即可在同一樓層的離境大堂辦理清關手續，並在同層乘搭跨境巴士或穿梭巴士前往澳門、珠海等城市。

同樣，入境旅客可在地下入境層完成所有清關手續，過程直接而方便。

此外，香港口岸設有區域供冷系統，利用海水在中央供冷機組製造冷凍水，通過專用配水管道網絡，送往旅檢大樓和香港口岸範圍約20座建築物，作空調之用。

鍾志仁指出，與使用冷卻塔的水冷式空調系統相比，區域供冷系統預計每年可節省高達350萬度電，相當於可減少2,500公噸二氧化碳排放。