就網上傳言指「居安抗疫」系統可能存在保安風險，政府資訊科技總監辦公室表明，該系統在政府私有雲平台上運作，所有經系統收集的資料均儲存於政府私有雲，受多重電腦保安措施保障，確保資訊安全。

資科辦指，在該系統投入服務前，已進行保安風險和私隱評估及審計，流動應用程式上架前也已通過有關發行平台審核。

流動應用程式只需用戶輸入電話作為戶口登記，並不收集其他個人資料。